Iriomote là một trong số ít những nơi thuộc Nhật Bản có khí hậu nhiệt đới và mưa nhiều (Af). Nhiệt độ trung bình năm là 23.4 °C (74.1 °F), và nhiệt độ tháng 1 là 18.5 °C (65.3 °F) và 28.4 °C (83.1 °F) vào tháng 7. Lượng mưa trung bình của Iriomote vào khoảng 2.500mm. Iriomote có một mùa bão nói chung từ tháng 6 đến tháng 10.

90% diện tích đảo là rừng nhiệt đới và cây đước. 80% diện tích đảo là đất công, và 34.3% diện tích đảo thuộc Vườn quốc gia Iriomote. Điểm cao nhất của đảo là Núi Komi (古見岳 Komidake) cao 470 mét. Cách Iriomote khoảng 21 km về phía tây bắc (24°33′29″B 124°00′00″Đ / 24,558°B 124°Đ / 24.558; 124.00 (Iriomotejima)) là một núi lửa hoạt động dưới đáy biển và từng phun trào lần cuối vào năm 1924; đỉnh cao nhất của núi là 200 m dưới mực nước biển.